JR新宿駅では4月14日深夜から16日未明にかけ、3,000人を動員しての線路切替工事を行う。同工事は、「新宿駅南口基盤整備事業」の一環として行う「新宿跨線橋（甲州街道）架替え」に伴い中央線ホーム9・10番線の線路切替を行うもので、今回で4回目の大規模な工事となる。　工事完了後は新たな改札口「サザンテラス口」がオープンし、全ホームが「新南口」に直結する。

　同15日の大幅なダイヤ変更は、埼京線が大崎－池袋間で運休するほか、湘南新宿ラインは上野駅と大崎駅でそれぞれ折り返し運転を行い、相互乗り入れの東京メトロ東西線は中野駅で折返し運転をするなどで、山手線・中央線以外の新宿駅乗り入れが停止となる。山手線は混雑緩和策として計25本を増発する。

　工事に伴う運休は計678本に及び、約41万5,000人に影響する見込み。